W Oddziale Etnografii można zobaczyć kilka unikatowych zbiorów o znaczeniu ponadregionalnym. Są to: kolekcja przedmiotów związanych z kulturą osadników zamieszkujących Żuławy do 1945 r., kolekcja pozaeuropejska, kolekcja przedmiotów, fotografii i archiwaliów przywiezionych przez ludność przesiedloną z dawnych kresów wschodnich II Rzeczypospolitej oraz kolekcja zabytków etnograficznych z regionów sąsiadujących z Pomorzem Gdańskim. Do najcenniejszych spośród 10 000 obiektów zgromadzonych w Oddziale Etnografii należy kolekcja mebli ludowych oraz sztuki i rzemiosła, głównie z Pomorza Gdańskiego: Kaszub, Kociewia, Żuław, Powiśla i Borów Tucholskich. Zbiory pochodzą przeważnie z XVIII, XIX i XX stulecia, choć zdarzają się zarówno przedmioty starsze, w tym XVI-wieczne, jak i współczesne.